大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列。它包含了4种核苷酸,简记作A,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物。
在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。两个基因的相似度的计算方法如下:
对于两个已知基因,例如AGTGATG和GTTAG,将它们的碱基互相对应。当然,中间可以加入一些空碱基-,例如:
| A | G | T | G | A | T | - | G |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| - | G | T | - | - | T | A | G |
这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的相似度如下表所示:
| A | C | G | T | - | |
|---|---|---|---|---|---|
| A | 5 | -1 | -2 | -1 | -3 |
| C | -1 | 5 | -3 | -2 | -4 |
| G | -2 | -3 | 5 | -2 | -2 |
| T | -1 | -2 | -2 | 5 | -1 |
| - | -3 | -4 | -2 | -1 | * |
(注:*表示两个空碱基不允许配对,该场景不会出现在合法对齐方案中)
那么相似度就是:(-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9。因为两个基因的对应方法不唯一,例如又有:
| A | G | T | G | A | T | G |
|---|---|---|---|---|---|---|
| - | G | T | T | A | - | G |
相似度为:(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14。规定两个基因的相似度为所有对应方法中,相似度最大的那个。
共两行。每行首先是一个整数,表示基因的长度;隔一个空格后是一个基因序列,序列中只含A,C,G,T四个字母。1 <= 序列的长度 <= 100。
仅一行,即输入基因的相似度。
7 AGTGATG
5 GTTAG
14